いざ！現場へ急行！事件を解き明かせ！！

江戸時代から続く警察一家の江波家。その本家である江波織子も例に漏れず鑑識官になった。先祖代々伝わる十手に宿る幽霊 江波査之助とネコマタである鑑太と共に難事件に立ち向かう！

今回は謎の女性クラリス・タニザキが登場。やり手の監察医らしいのだが・・・

THE鑑識官DSでもおなじみのタッチスクリーンの機能をフル活用！タッチやこするに加え、回す・吹く・線を引くなどの新しい操作が登場。これらの機能を使い事件を解決しよう！

科学捜査研究所にはスペシャリスト達の協力を得て事件の真相へと迫ろう！仲間たちは個性が強くて、いつも主人公を困らせる・・・

• 法医課 古畑博士・・・死体から証拠を集める検死。死体は事件を物語る。
• 化学課 芦茂伊作・・・現場には数々の証拠が残される。ちょっとした粉やゴミを分析し犯人を追い詰めよう。
• 交通課 車早太郎・・・車やバイク、道路からももちろん証拠はあがる。タイヤ痕から車種を割り出したりして一歩ずつ真相に近づこう。
• 指紋課 指宿シモーヌ・・・捜査の定番といえば指紋。決定的でありこの世に二人といない証拠こそ指紋だ。
• 物理課 物部理太郎・・・爆発物による力学や交通事故による衝突で吹っ飛んでしまった距離などを推測し、現場をより明確なものにしウソを見つけよう。
• 生物課 植木虫介・・・生物が現場を教えてくれる場合もある。どこそこの地域にしかいない虫や夜のみ活動する動物などを知り得れば、犯行時刻や犯行現場を割り出せるはずだ。

ニンテンドー3DSのニンテンドーeショップにて本作の移植版「THE鑑識官File.2 緊急出動！落ちたホシを追え！」がダウンロード可能になってます。新しい物語も１話収録されています。